如果希望在Windows 2000和早期操作系统之间建立多重启动，就需要使用工厂验收试验或FAT32公司文件系统。在这种情况下，用户就应该把系统配置成多重启动并在硬盘上用工厂验收试验或FAT32公司分区做为活动分区。这是因为早期的操作系统不能访问NTFS格式格式的本地硬盘分区。如果服务器不需要配置多重启动功能，用户最好使用NTFS格式格式的文件系统。

Windows 2000可转让的NTFS格式文件系统提供了工厂验收试验和FAT32公司文件系统所没有的、全面的性能，可靠性和兼容性。NTFS格式文件系统的设计目标就是用来在很大的硬盘上能够很快地执行诸如：读、写和搜索这样的标准文件操作，甚至包括像文件系统恢复这样的高级操作。

NTFS格式文件系统包括了公司环境中文件服务器和高端个人网站制作所需的安全特性。NTFS格式文件系统还支持对于关键数据完整性十分重要的数据访问控制和私有权限。除了可以赋予Windows 2000计算机中的共享文件夹特定权限外，NTFS格式文件和文件夹无论共享与否都可以赋予权限。NTFS格式是Windows 2000中唯一允许为单个文件指定权限的文件系统。然而，当用户从NTFS格式卷移动或复制文件到工厂验收试验时间NTFS格式文件系统权限和其它特有属性将会丢失。

像工厂验收试验文件系统一样，NTFS格式文件系统使用簇作为磁盘分配的基本单元。在NTFS格式文件系统中，默认的簇大小取决于卷的大小。在“磁盘管理器”中，用户可以指定的簇大小最大为4公里

Windows 2000包括一个新版本的NTFS该文件系统在原有的灵活的安全特性（比如域和用户账户数据库）之上又加入了新的特性，如活动目录（Active Directory）Windows 2000中使用的NTFS格式文件系统支持以下特性：

• 活动目录。使网络管理者和网络用户可以方便灵活地查看和控制网络资源。

• 域。它是活动目录的一部分，帮助网络管理者兼顾管理的简单性和网络的安全性。例如，只有在NTFS格式文件系统中用户才能设置单个文件的许可权限而不仅仅是目录的许可权限。

• 文件加密。能够大大提高信息的安全性。

• 稀松文件。应用程序生成的一种特殊文件，它的文件尺寸非常大，但实际上只需要少部分的磁盘空间。就是说，NTFS格式这是一个很好的例子

• 其他的数据存储模式。这些模式可以提高存储和修改信息的效率。

•磁盘活动的恢复日志。它将帮助用户在电源失效或其他系统故障时快速恢复信息。

• 磁盘配额。管理者可以管理和控制每个用户所能使用的最大磁盘空间。

•对于大容量驱动器的良好扩展性。NTFS格式中最大驱动器的尺寸远远大于工厂验收试验格式的，而且，NTFS格式的性能和存储效率并不象工厂验收试验那样随着驱动器尺寸的增大而降低。

NTFS格式文件系统是使用Windows 2000所推荐的文件系统。NTFS格式具有工厂验收试验文件系统的所有基本功能，并且提供如下的工厂验收试验或FAT32公司文件系统所没有的优点：

• 更为安全的文件。

• 更好的磁盘压缩性能。

• 支持最大达2万亿的大硬盘（NTFS格式可支持的最大磁盘容量比工厂验收试验的大得多，而且随着磁盘容量的增大，NTFS格式的性能不像工厂验收试验那样随之降低）。

• 双重启动配置（在同一台计算机上同时安装有Windows 2000和其他操作系统）。